南京信息工程大学发展规划处（共建工作办公室）、学科建设处、双一流建设办公室、校友办公室（教育发展基金会秘书处）四个机构实行合署办公，内设发展规划与政策研究室、数据统计科、合作共建科、双一流与高水平大学建设科、学科建设科、校友工作科6个科室。